Grundlegend für die Struktur der Pädagogischen Hochschule Weingarten ist eine Matrix aus den Fächern der Fakultäten und den Forschungszentren. Während die beiden Fakultäten und mit ihnen die Fächer nach dem herkömmlichen Modell einer Hochschule disziplinär angeordnet sind, liegen die Zentren interdisziplinär quer dazu. Auf diese Weise wird Fachlichkeit und Interdisziplinarität für Studium und Lehre sowie Forschung gesichert.

Die Fakultäten erfüllen ihre Aufgabe vornehmlich im Bereich Lehre/Studium und Prüfungen. Die Forschungszentren sollen Forschungsprojekte konzipieren, einwerben und durchführen.